Com a autorização da abertura dos inquéritos, as 108 pessoas, incluindo 83 políticos, passaram à condição de suspeitos investigados no Supremo.
Mas um longo caminho processual ainda deve ser percorrido antes que possam ser, porventura, condenados ou absolvidos. Caberá agora ao MPF conduzir as investigações. Sob a supervisão do procurador-geral da República, Rodrigo Janot, uma equipe de procuradores deverá tomar providências para a produção de novas provas contra os suspeitos.
Daqui em diante, outras diligências poderão ser solicitadas pelo MPF, de modo a acrescentar novos elementos aos autos do processo. No momento em que julgar haver elementos suficientes de que o suspeito de fato cometeu crime, a acusação oferece uma denúncia. Após a denúncia chegar ao STF, os ministros da Segunda Turma da Corte devem analisar se aceitam a acusação ou se ela é improcedente. Se a denúncia for aceita, somente então o suspeito passa à condição de réu acusado de ter cometido crime previsto no Código Penal. Se for recusada, o caso é arquivado.
Com a aceitação da denúncia, o inquérito criminal passa à condição de Ação Penal, que possui uma série de prazos específicos para a apresentação de recursos e solicitação de diligências. O primeiro passo é a abertura da fase de instrução, em que o juiz analisa as provas disponíveis, interroga testemunhas de acusação e defesa e avalia a necessidade de coleta de elementos adicionais. Após o final da fase de instrução do processo, contam-se novos prazos para defesa e acusação se manifestarem em alegações finais e, só então, o caso pode ser julgado em seu mérito pelos ministros do STF (ABr).