O desmatamento, as queimadas, aliados às mudanças climáticas, estão entre as causas da alteração do regime hidrológico dos rios da Amazônia, que tem se tornado mais intenso nos últimos anos, levando à ocorrência de cheias e secas mais severas com menor intervalo de tempo. Um exemplo foi a seca histórica de 2023, que causou a maior queda nos níveis dos rios já registrada na região. No Rio Negro, o nível da água no porto de Manaus chegou a 14,75m, o menor nível já registrado desde o começo da série histórica, em 1902.
De acordo com o pesquisador do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) Jochen Shöngart, somente nessas duas primeiras décadas do século 21 foram registrados nove eventos de cheias severas, o mesmo número registrado em todo o século passado. Destacou ainda que o aumento da amplitude da cheia e da vazante na Amazônia apresentou uma variação de 1,6 metro. Isso faz com que os rios tanto sequem antes do esperado, quanto o contrário.
Essa alteração traz impactos especialmente nas áreas de florestas alagadas, com grandes impactos para as atividades econômicas e também para as populações ribeirinhas da Amazônia, que dependem desses recursos para a sua sobrevivência. O pesquisador do Instituto de Desenvolvimento Sustentável Mamirauá Ayan Fleischmann destacou que esse aumento no regime de secas e cheias severas tem impactado as áreas de várzeas. Nos últimos anos, em 23% das áreas de várzeas no baixo Amazonas a duração do período de inundação aumentou mais de 50 dias por ano.
As secas também têm sido muito extremas. Durante a seca de 2023, o Lago Tefé, no Médio Solimões, no Amazonas, secou 75%, chegando a baixar praticamente 30 cm por dia. Na região, outros lagos ficaram 90% secos. A seca extrema na Amazônia levou a morte 209 botos no lago Tefé e em Coaraci, em razão da alta temperatura dos lagos. No dia 28 de setembro, 70 botos morreram quando a temperatura da água atingiu 39,1°C (ABr).
